Đội bóng được thành lập vào năm 1966 ở hạng bán chuyên nghiệp với cái tên Câu lạc bộ Bóng đá Thép Kawasaki ở Kurashiki, Okayama Prefecture.[1] Đội bóng được lên chơi ở hạng 2 giải Japan Soccer League vào năm 1986, và trụ lại tại đây cho đến khi giải này được thay thế bằng JSL vào năm 1992.[1]

Năm 1995, thành phố Kobe đạt được một thỏa thuận với công ty chủ quản của đội bóng Kawasaki Steel, để chuyển đội bóng về Kobe và tranh một suất ở giải J. League với cái tên Vissel Kobe. Vissel là một từ ghép giữa chữ "victory" và "vessel" trong tiếng Anh, nhằm ghi nhận lịch sử của thành phố cảng Kobe.[1] (Do tầm quan trọng của đội bóng đối với thành phố Kobe, Kawasaki Heavy Industries, công ty mẹ của Kawasaki Steel, vẫn là nhà bảo trợ chính cho Vissel Kobe. Kawasaki Steel sau đó được bán và trở thành một phần của JFE Holdings.)

Vissel Kobe bắt đầu chơi ở giải Japan Football League vào năm 1995, một giải hạng dưới J. League, và chuỗi siêu thị Daiei được đề cử làm nhà tài trợ chính cho câu lạc bộ. Tuy nhiên, kinh tế đi xuống sau động đất Great Hanshin buộc Daiei phải rút lui và thành phố Kobe trở thành nhà bảo trợ chính cho đội bóng.

Mặc dù kết thúc mùa giải ở vị trí thứ hai tại JFL vào năm 1996, Vissel vẫn được thăng hạng lên giải J. League (do đội bóng vô địch là Honda FC, từ chối thăng hạng và trở thành đội bóng chuyên nghiệp) và bắt đầu thi đấu ở giải bóng đá cao nhất của Nhật vào năm 1997. Tuy nhiên, do vấn đề quản lý kém vì họ không thể duy trì nguồn tài trợ ổn định, Vissel chưa bao giờ đủ khản năng tranh chức vô địch giải. Đến tháng 12 năm 2003, những thua lỗ tồn đọng khiến câu lạc bộ phải đề đơn xin quy chế bảo vệ phá sản.

Thánh 1 năm 2004, Vissel được bán cho Crimson Group, công ty mẹ của công ty thương mại trực tuyến Rakuten, với chủ sở hữu là người Kobe Hiroshi Mikitani. Cho đến thời điểm hiện tại, những nỗ lực của Mikitani nhằm tăng cường sức mạnh cho đội bóng đạt được ít kết quả. Hợp đồng đầu tiên của Vissel dưới thời ông Mikitani là İlhan Mansız, nhờ vào màn trình diễn của anh ở giải 2002 FIFA World Cup tổ chức ở Hàn Quốc và Nhật Bản, là một thất bại hoàn toàn – tiền đạo người Thổ Nhĩ Kỳ chỉ chơi có ba trận trước khi rời đội bóng vì chấn thương đầu gối. Mikitani cũng khiến cho ông không được người hâm mộ ưa thích vì quyết định đổi đồng phục đội bóng từ màu sọc đen trắng sang crimson, nhằm quảng cáo cho tập đoàn Crimson Group và giống với màu của trường ông đã tốt nghiệp, Harvard Business School. (Đội bóng chày Tohoku Rakuten Golden Eagles, cùng thuộc quyền sở hữu Rakuten nhưng đặt tại Sendai, có đồng phục cùng màu)

Vissel kết thúc giải đấu ở vị trí 11 vào năm 2004, cùng hạng với năm trước đó. Năm 2005, họ kết thúc giải ở vị trí thứ 18 và cũng là vị trí bét bảng, dẫn đến việc xuống chơi ở giải J2. Tron khoảng thời gian 2 năm, Vissel đã thay 5 vị huấn luyện viên khác nhau. 2006 là mùa gải đầu tiên Vissel chơi ở J2 sau 9 năm chơi ở giải bóng đá cao nhất Nhật Bản. Đội kết thúc mùa giải 2006 ở vị trí thứ 3 và được thăng hạng J1 sau khi đánh bại Avispa Fukuoka trong trận play-off giành quyền thăng hạng.

Trong khoảng thời gian từ năm 2007 đến năm 2011 Vissel đều kết thúc mùa giải ở nửa dưới bảng xếp hạng. Vào năm 2012 họ kết thúc ở vị trí 16 và là thứ 3 từ dưới bảng xếp hạng tính lên. Kết quả là đội bóng bị xuống hạng thi đấu ở giải J2.

Năm 2013 Vissel kết thúc mùa giải ở vị trí thứ hai, thua 4 điểm so với đội Gamba Osaka, và giành quyền thăng hạng J1 cho mùa bóng 2014.

Ngày 6 tháng 12 năm 2014, Rakuten Inc. mua lại câu lạc bộ từ Crimson Group.[2]